Vào năm 1999, Đại học Quốc gia Thành phố Hồ Chí Minh được tổ chức lại trên cơ sở chia tách và thành lập trường đại học thành viên mới. Theo đó, Trường Đại học Sư phạm Thành phố Hồ Chí Minh lại được Thủ tướng Chính phủ tách ra thành một trường đại học sư phạm trực thuộc Bộ Giáo dục và Đào tạo Việt Nam để phát triển thành trường đại học sư phạm quốc gia trọng điểm ở khu vực phía Nam, thực hiện sứ mạng đào tạo giáo viên chất lượng cao và phát triển hệ thống giáo dục phổ thông ở phía Nam.

Lãnh đạo Công đoàn Trường trong giai đoạn này là:

Với những thành tựu đã đạt được từ khi thành lập và phát triển đến nay, Công đoàn Trường Đại học Sư phạm TP.HCM đã phát huy tốt được vai trò của tổ chức công đoàn cơ sở trong trường đại học sư phạm trọng điểm ở phía Nam. Công đoàn Trường luôn sáng tạo và tổ chức nhiều hoạt động thiết thực để bảo vệ quyền lợi hợp pháp và chính đáng của đoàn viên, tích cực tham gia công tác xã hội, thực hiện tốt nhiệm vụ chính trị do Đảng ủy nhà Trường giao phó. Công đoàn Trường thực sự là một khối đoàn kết, thống nhất trong toàn thể viên chức, đoàn viên công đoàn, người lao động trong toàn Trường. Công đoàn Trường luôn được Lãnh đạo nhà trường và Công đoàn cấp trên đánh giá cao.